Student
Zdá se, že akademie zcela nahrazuje mladým adeptům na ninjy normální školní docházku -- v akademiích (v každé skryté vesnici je právě jedna) se studenti učí základům boje se zbraní i beze zbraně a -- především -- pronikají do tajů zvláštních schopností ninjů. Učí se základním jutsu a ovládání čakry. Základní výcvik na akademii je ukončen úspěšným složením závěrečné zkoušky, která prověří zvládnutí všech základních dovedností. Zdá se, že na různých akademiích jsou však podmínky a průběh této zkoušky odlišné.

Genin
Když student úspěšně složí závěrečnou zkoušku na akademii, obdrží od svého učitele pruh látky, na němž je našitý kovový štítek s vyrytým znakem jeho vesnice. Tím se stává geninem, což je nejnižší hodnost ninjy. V této hodnosti už může ninja plnit pro svoji vesnici jednodušší úkoly (hodnocené písmeny D a C), nicméně stále podléhá vedení učitele (kterým je obvykle zkušený ninja v hodnosti jounina). Geninové se sdružují pod vedením učitelů do tříčlenných týmů -- tyto oddíly o čtyřech mužích (a ženách ;) tvoří základní vojenskou jednotku vesnice pro jednodušší úkoly.

Chuunin
Zvláště nadaní geninové mohou být za svoji vesnici přihlášeni k výběru chuuninů (angl. chuunin exam), který je společný pro všechny vesnice (nicméně nevíme, zda se jedná o jediný způsob, jak se stát chuuninem). Pokud v tříkolové zkoušce uspějí, postoupí v hierarchii ninjů na úroveň chuunina a od toho momentu jsou kvalifikováni k vedení níže postavených ninjů a studentů akademie. Mohou také zastávat funkce velitelů dílčích bojových akcí a misí. Při plnění zakázek, které si zadavají soukromé subjekty, jsou chuuninům zpravidla svěřovány mise s hodnocením C a B.

Chuuninem je například Iruka nebo Mizuki.

Jounin
Velice nadaní a zkušení ninjové mohou za jistých (a nám doposud neznámých) okolností postoupit na úroveň jounina. Těmto ninjům jsou svěřovány nejnebezpečnější mise (hodnocené písmenem A, případně i speciální úkoly -- S) a při plnění bojových úkolů zastávají posty velitelů a stratégů. Některým jouninům jsou také svěřovány tříčlenné týmy geninů.

Jounin je obecně vzato ninja vynikající ve všech oblastech ninjovských dovedností. Někteří ninjové se však rozhodnou pro vyšší specializaci na úkor univerzálnosti -- ti jsou pak označováni jako tokubetsu jounin (specializovaní vysocí ninjové) a bývají podřízeni "normálním" jouninům.

Například Kakashi, Gai, Anko nebo třebas [spoiler] Kabuto [/spoiler] jsou jouninové (přičemž Anko je tokubetsu jounin).

Sennin
Velice mocní jouninové se stávají senniny -- jejich schopnosti jsou legendární a konkurencí jim již nejsou jednotliví ninjové nižších hodností, ale často celé vesnice. Ze skryté vesnice Konoha jsou známi tři senninové: Tsunade, Jiraya a Orochimaru (ten si však později založil vlastní skrytou vesnici ;)

Kage
Kage je hlavou skryté vesnice. Jsou to vždy velice mocní ninjové, nicméně hodnost kage stojí jaksi mimo vertikální stupnici student - genin - chuunin - jounin - sennin. Z hlediska politické moci se dá říci, že kage je roven feudálnímu vladaři dané země, kterému v případě potřeby poskytuje elitní armádu.

V Zemi ohně je vůdcem skryté vesnice Hokage, v Zemi vody Mizukage, Kraji země (Earth country) Tsuchikage, v Zemi blesku Raikage a v Zemi větru Kazekage.

Ztracení ninjové
Zde už se vůbec nejedná o hodnost, nýbrž o status. Všichni ninjové jsou vázáni na svou vesnici, která o nich udržuje přehled a dbá o to, aby se těla jejích elitních vojáků nedostala do rukou nepřátel -- tím by totiž mohla být vyzrazena mnohá tajemství dané vesnice. Stává se však, že se někteří ninjové "vzbouří" proti své vesnici a opustí ji. Tím se vystavují hrozbě stíhání a následné likvidace elitní jednotkou ze své "mateřské" vesnice.

Například Orochimaru a Uchiha Itachi jsou ztracenými (uprchlými) ninjy z vesnice Konoha, Zabuza z vesnice Mlhy.

Lovci ninjů (Hunter-nins)
Jsou to elitní a tajní pátrači po ztracených (uprchlých) ninjích. Jakmile dopadnou svou oběť, nespokojí se s pouhým jejím zabitím, ale provedou důkladnou a naprostou likvidaci těla ztraceného ninjy, aby nezůstalo nic, z čeho by mohli nepřátelé z jiných vesnic vyčíst tajné informace.

ANBU
Výjimečně schopní ninjové s hodností chuunin a vyšší mohou být členy speciálních elitních úderných jednotek zvaných ANBU. Chodí maskováni (jejich masky zpodobňují různá zvířata a liší se od masek lovců ninjů) a do jejich kompetence spadají ty nejnáročnější úkoly průzkumné, ochranné, ale především likvidační ;) V rámci vesnic mají oddíly ANBU funkci zásahových jednotek (především proti extrémně nebezpečným ninjům) a tajné policie. Mohou vést vlastní vyštřování a jejich pravomoc je nadřazena pravomoci vojenské policie (tradičně složené z členů klanu Uchiha).

Identita členů ANBU je skryta. Víme však, že například [spoiler] Kakashi a Uchiha Itachi [/spoiler] bývali veliteli oddílů ANBU.